Pelabuhan tersebut dilengkapi dengan fasilitas yang sangat memuaskan bagi penumpang kapal laut, yaitu ruangan ber AC, terdapat escalator, dan ddilengkapai dua unit garbarata layaknya sebuah bandara. Selain itu para penumpang bisa menikmati indahnya laut dan lalu lalang kapal yang melintas di pelabuhan tersebut melaui anjungan yang disediakan.
Pelabuhan tersebut berkapasitas 4000 penumpang, dan pembangunan gedung terminal gapura surya menelan dana sekitar 160 milyar rupiah. Pembangunan pelabuhan ini dilakukan untuk mengantisipasi meningkatnya jumlah penumpang kapal laut dan peningkatan pelayanan kepada para penumpang, karena setiap tahunya jumlah penumpang kapal samakin tinggi.
“Dengan adanya pelabuhan tersebut bisa memacu daerah lain untuk membuat pelabuhan yang sekelas terutama di Nunukan, karena pelabuhan Nunukan merupakan tempat bersandarnya penumpang dari Malaysia ke Indonesia,” ujar Dahlan Iskan (Menteri BUMN).
Dengan dibangunya pelabuhan tersebut diharapkan bisa menarik minat masyarakat untuk menggunakan kapal laut/ selain itu memunculkan image bahwa pelabuhan di indonesia semakin baik dan modern.