Kelangkaan terjadi pada jenis pupuk yang biasa digunakan petani, seperti jenis Z-A, Urea, dan Phonska. Untuk tanaman semangka dan melon, dalam satu hektar petani membutuhkan sedikitnya tujuh kwintal pupuk Urea, dan tiga kwintal pupuk Phonska. Namun kesulitan mendapatkan pupuk, membuat petani hanya mendapatkan jatah dibawah 50 persen kebutuhan tanaman. Akibatnya daun tanaman melon mereka kering, sedangkan buah semangka mulai membusuk.
Selain langka, pupuk juga mengalami kenaikan harga signifikan. Harga pupuk Z-A bersubsidi sebesar 200 Ribu Rupiah Per-Kwintal, sedangkan pupuk non subsidi sebesar 290 Ribu Rupiah. Padahal pupuk Z-A bersubsidi sebelumnya hanya seharga 170 Ribu Rupiah Per-Kwintal. Harga pupuk Phonska naik menjadi 230 Ribu Rupiah, dari harga sebelumnya 200 Ribu Rupiah Per-Kwintal.
Sementara itu harga jenis pupuk Urea bersubsidi sebesar 205 Ribu Rupiah, sedangkan non subsidi mencapai 300 Ribu Rupiah Per-Kwintal. Sebelumnya harga pupuk Urea bersubsidi hanya berkisar 145 Ribu Rupiah Per-Kwintal. Akibat kelangkaan dan naiknya harga pupuk tersebut, biaya tanam petani juga naik sekitar 27 Juta Per Hektar lahan. Membengkaknya biaya tanam tersebut, dipastikan petani semangka dan melon merugi.
Masing-masing kios penjual pupuk biasanya mendapatkan jatah sekitar 15 Ton, namun kini kios penjual pupuk hanya mendapat pasokan maksimal 3 ton dari distributor. Bahkan pupuk Organik yang ditawarkan kios pupuk sebagai alternatif tak dibeli petani.